掃描電子顯微鏡是用極細的電子束在樣品表面掃描，將產生的二次電子用特制的探測器收集，形成電信號運送到顯像管，在熒光屏上顯示物體。（細胞、組織）表面的立體構像，可攝制成照片。

   掃描電子顯微鏡樣品用戊二醛和餓酸等固定，經脫水和臨界點干燥后，再於樣品表面噴鍍薄層金膜，以增加二波電子數，掃描電鏡樣品用戊二醛和餓酸等固定，經脫水和臨界點干燥后，再于樣品表面噴鍍薄層金膜，以增加二波電子數。掃描電子顯微鏡能觀察較大的組織表面結構，由於它的景深長，1mm左右的凹凸不平面能清所成像，故放樣品圖像富有立體感。掃描電鏡能觀察較大的組織表面結構，由于它的景深長，1mm左右的凹凸不平面能清所成像，故放樣品圖像富有立體感。

   掃描電子顯微鏡自動定性分析是根據能量位置來確定峰位，直接單擊"操作/定性分析"按鈕，即可實現自動定性分析，在譜的每個峰的位置顯示出相應的元素符號。

   掃描電子顯微鏡優點是識別速度快，但由于能譜譜峰重疊干擾嚴重，自動識別極易出錯，比如把某元素的L系誤識別為另一元素的K系，這是它的缺點。為此分析者在儀器自動定性分析過程結束后，還必須對識別錯了的元素用手動定性分析進行修正。所以雖然有自動定性分析程序，但對分析者來說，具有一定的定性分析技術實在是*的。

   掃描電子顯微鏡是通過X射線強度來獲取組成樣品材料的各種元素的濃度，根據實際情況，人們尋求并提出了測量未知樣品和標樣的強度比方法，再把強度比經過定量修正換算呈濃度比。掃描電子顯微鏡兩種定量分析方法：無標樣定量分析法和有標樣定量分析析法。

   電子束只打到試樣上一點，得到這一點的X射線譜的分析方法是點分析方法。與此不同的是，用掃描像觀察裝置，使電子束在試樣上做二維掃描，測量特征X射線的強度，使與這個強度對應的亮度變化與掃描信號同步在陰極射線管上顯示出來，就得到特征X射線強度的二維分布的像。這種觀察方法稱為元素的面分布分析方法，它是一種測量元素二維分布的非常方便的方法。